Comment calculer la concentration d'oligonucleotide

May 19

Comment calculer la concentration d'oligonucleotide


Un oligonucléotide est une séquence linéaire courte, généralement composée de 13 à 25 nucléotides reliés par une liaison phosphate. Nucléotides sont des unités de base, composé d'une base azotée, un sucre et un groupe phosphate. Les oligonucleotides se lient à leur séquence complémentaire trouvée dans l'ADN ou de l'ARN et peuvent être utilisés en tant que sondes ou oligodésoxyribonucléotides sont utilisés comme amorces dans une réaction en chaîne par polymérase qui peut amplifier l'ADN. En outre, les oligonucléotides antisens ont le potentiel d'être des agents thérapeutiques en bloquant la traduction de protéines spécifiques, qui sont souvent anormalement exprimés dans des maladies.

Instructions

calculer la concentration

1 Dissoudre oligonucléotide lyophilisée dans un tampon stérile, tel que l'eau ou un tampon TE. Placer plusieurs dilutions dans les différentes cuves. Lire dans un spectrophotomètre à 260 nM.

2 Calculer le poids moléculaire de l'oligonucléotide, en utilisant l'équation (A x 312,2) + (C x 288,2) + (G x 328,2) + (T x 303,2) - 61, où A est le nombre d'adénine dans la séquence d'oligonucléotide, C est le nombre de cytosine dans la séquence d'oligonucléotides, etc.

3 En utilisant l'équation calculer la concentration d'oligonucléotides en micromoles = (mesure de l'absorbance à 260 nm x facteur de dilution x 33 000) / poids moléculaire d'oligonucléotides, où 33.000 est un facteur de conversion.

Calculator Oligo

4 Utilisez le calculateur de Oligo décrit par Warren Kibbe dans "Nucleic Acids Research" en Avril de 2007.

5 Placez la séquence d'oligonucléotides dans la zone de code de base nucléotidique. Mesurer l'absorbance à 260nm dans un spectrophotomètre. Placez résultat d'absorbance dans la boîte pour le résultat d'absorbance nM 260. Appuyez sur calculer.

6 Le calculateur calcule la concentration, la masse moléculaire et la température de fusion de l'oligonucléotide.