Les zones humides de Pennsylvanie abritent diverses espèces de plantes et d'animaux. Le changement d'état de l'habitat, cependant, a conduit beaucoup d'entre eux de devenir menacée ou en voie de disparition. Entre les années 1780 et 1980, la Pennsylvanie a perdu environ 56 pour cent de ses terres humides. Ceci est largement dû à la conversion agricole. Sous l'autorité de la Loi sur la conservation des ressources sauvages de 1982, la Pennsylvanie a inscrit plus de 500 plantes dans les catégories préoccupantes. Beaucoup d'entre elles poussent dans les zones humides de l'État. Il y a aussi 29 espèces de poissons, les reptiles, les invertébrés aquatiques et les amphibiens qui ont été classées comme menacées ou en danger par la Commission des poissons et bateaux, sous la juridiction duquel la réglementation et la protection dont ils relèvent. Parmi ces 29 espèces, 18 sont des poissons, cinq sont des reptiles, quatre sont des amphibiens et deux moules.
Poisson
Les zones humides de Pennsylvanie sont à la maison à une gamme de poissons qui ont maintenant été classées comme menacées. Ceux-ci comprennent l'esturgeon jaune, l'esturgeon à museau court, ammocrypta pellucida, lamproie du Nord, graveliers, darter repéré, Tippecanoe darter, le meunier rouge et darter longhead. Les travaux de la Commission des poissons et bateaux Pennsylvania consiste à mener des études sur la qualité de l'eau, la réalisation de travaux de conservation et de suivi des populations de poissons et les habitats où ces poissons vivent.
Reptiles
Les espèces de reptiles menacées qui habitent les zones humides Pennsylvanie comprennent la tortue des marais et deux espèces de serpent, le serpent de Kirtland et le massasauga. Une des raisons de la tortue des marais étant sous la menace du braconnage. Les petites tortues attrayantes sont souhaitables dans le commerce des animaux de marché noir. Le nombre de tortues des marais a diminué d'environ 50 pour cent depuis 1990. En Europe et au Japon, une paire de tortues des marais peuvent se vendre pour environ 2000 $ et plus la rareté de l'animal, plus le prix augmente. D'autres facteurs qui peuvent avoir contribué au déclin de la tortue sont la perte d'habitat, la santé des zones humides et les maladies qui peuvent résulter d'être réintroduits dans les zones en dehors de leur zone humide native.
Moules
Les zones humides de Pennsylvanie sont habitées par deux espèces menacées de moules, la ventrue du Nord et du clubshell. moules d'eau douce sont les espèces les plus menacées en Pennsylvanie. Il y a eu une baisse massive de leur nombre. La santé et le nombre de moules d'eau douce comme le clubshell et les ventrue du Nord sont des indicateurs de bonne qualité de l'eau et de populations en déclin conduisent à des préoccupations au sujet de leur habitat naturel.
Amphibiens
La salamandre de boue orientale, New Jersey rainette et plaine côtière grenouille léopard sont toutes les espèces d'amphibiens qui peuplent les zones humides de Pennsylvanie et ont été inscrites comme en voie de disparition. La réduction de la population d'amphibiens est en partie due à des facteurs tels que les niveaux d'acidité dans l'eau, la perte de l'habitat et étant souhaitable pour les collectionneurs. Ces espèces tombent également sous la protection de la Commission des poissons et bateaux Pennsylvanie.