Polymérisation Mécanisme en SDS Gel

December 3

Polymérisation Mécanisme en SDS Gel


SDS-PAGE est une procédure scientifiques utilisent pour séparer les protéines en fonction de la façon dont ils migrent à travers un gel. Les gels sont constitués d'un polymère appelé polyacrylamide. Lorsque vous faites un gel de polyacrylamide, vous commencez avec un mélange de produits chimiques: l'acrylamide, bisacrylamide, SDS et un produit chimique tampon pour stabiliser le pH. Ajout d'un composé persulfate et un autre produit chimique appelé TEMED provoquera l'acrylamide pour former de longues chaînes ou polymériser.

Initiation

L'ion persulfate dans le persulfate d'ammonium est l'équivalent de deux ions sulfate liés par une liaison oxygène-oxygène faible. Ce lien peut cliver ou casser en deux, ce qui donne des radicaux sulfate --- molécules hautement réactives avec un électron non apparié. Le radical peut sulfate réagir avec l'eau pour générer un radical hydroxyle, ou il peut réagir avec le monomère d'acrylamide pour démarrer la réaction de polymérisation. TEMED agit comme un catalyseur qui accélère la vitesse à laquelle les ions persulfate former des radicaux.

Réaction en chaîne

Une fois qu'un radical hydroxyle ou le sulfate formé, il attaque un monomère d'acrylamide, en prenant une des électrons dans la double liaison. Le monomère d'acrylamide est présent un radical avec un électron non apparié, de sorte qu'il continue à attaquer un autre monomère d'acrylamide de manière similaire. Cette série d'événements crée une chaîne à croissance rapide de monomères d'acrylamide liés par des liaisons simples. La réaction en chaîne se termine que lorsque deux radicaux réagissent les uns avec les autres.

Cross-Linking

Si l'acrylamide était présent sur son propre, il ne ferait pas le gel épais dont vous avez besoin pour le SDS-PAGE. Les polymères doivent être réticulé pour former un gel ayant les propriétés requises, et c'est là bisacrylamide entre en jeu. Les doubles liaisons dans bisacrylamide servent également une cible pour les radicaux dans la réaction, et parce qu'elle a deux sites où il peut être attaqués par des radicaux, elle est finalement incorporée dans deux des polymères en croissance. Par conséquent, les polymères se retrouvent avec des liaisons transversales entre elles dans des sites au hasard le long de la longueur de chaque chaîne.

Considérations

La réaction de polymérisation est très rapide, donc une fois que vous avez ajouté le TEMED et persulfate, il aura lieu très rapidement. La pureté de vos réactifs est important parce que les contaminants peuvent affecter vos résultats. l'acide acrylique, par exemple, peut être ajouté au polymère et crée des sites d'échange d'ions qui pourraient provoquer des variations de pH locales dans le gel. Le gel obtenu peut encore contenir des monomères d'acrylamide, et de l'acrylamide est une neurotoxine, donc toujours prendre les précautions appropriées lorsque vous travaillez avec des gels de SDS.