Les études d'enrichissement nécessitent le calcul des données de séquençage pour déterminer le niveau de couverture. Cela se fait principalement avec des laboratoires de séquençage des gènes nécessitant la préparation d'échantillons d'ADN intégrée et pré-enrichissement mise en commun. Calcul de la couverture de séquençage nécessite l'utilisation de variables qui incluent la couverture de séquençage moyenne, le total des bases cible et le rendement de l'enrichissement. L'exécution de ce calcul est effectué en introduisant l'ensemble de ces variables dans une équation.
Instructions
1 Écrire l'équation utilisée pour calculer la couverture de séquençage moyenne. Cela ressemblera à la couverture souhaitée divisée par une couverture moyenne normalisée. Si la couverture souhaitée est 10x et la couverture moyenne normalisée est de 0,2, alors la couverture de séquençage moyenne est 50.
2 Écrire l'équation utilisée pour calculer la quantité de séquençage. Cela ressemblera à (bases totales ciblées) (moyenne couverture de séquençage) / (enrichissement efficacité) = quantité de séquençage.
3 Branchez 62 Mo pour «total ciblé bases» et 0,65 pour l ' «efficacité enrichissement." Ajouter la quantité de couverture de séquençage de 50x et l'équation ressemblera (62) (50) /0.65. Le résultat de l'équation de 4,8 Go de données de séquençage.