séquençage de l'ADN moderne et les techniques de biologie moléculaire ont permis aux scientifiques d'amasser de vastes quantités de données de séquences des gènes et des protéines. Pour faire des progrès, cependant, il ne suffit pas de recueillir uniquement des données - les scientifiques doivent être en mesure de donner un sens aussi bien. Voilà où des logiciels comme outils d'alignement de séquence venir dans maniable. Voici quelques-uns des outils les plus importants disponibles en ligne. Pour accéder à l'un des quatre outils décrits dans cet article, suivez les liens dans la section Ressources.
EXPLOSION
Le Local Alignment Search Tool Basic ou BLAST est un outil remarquablement puissant disponible en ligne à partir du National Center for Biotechnology Information (NCBI). BLAST peut aligner deux séquences d'ADN et les comparer afin de déterminer comment ils sont similaires; vous pouvez également entrer une séquence dans BLAST et rechercher une base de données complète de séquences pour tout qui correspondent ou sont similaires. Un scientifique pourrait chercher BLAST pour des séquences humaines qui sont semblables à un gène de porc, par exemple, et déterminer le nombre de similitudes humaines et de porc variantes action. Alternativement, les biologistes pourraient séquencer des gènes à partir d'un échantillon d'ADN et faire une recherche BLAST pour tenter d'identifier l'espèce - une application importante pour la biologie de la conservation.
ClustalW & ClustalX
ClustalW et ClustalX est un outil d'alignement pour l'ADN et / ou de protéines. Une fois que l'utilisateur entre un ensemble de protéines ou des séquences d'ADN, Clustal va les aligner et identifier les similitudes ou les différences. Si les protéines d'alignement, par exemple, ClustalW va marquer les positions dans lesquelles les acides aminés sont les mêmes, à l'aide d'un astérisque, tandis que les deux points indique les différents acides aminés ayant des propriétés chimiques similaires, et un espace désigne complètement différents acides aminés. ClustalW est la version en ligne de commande, tandis que ClustalX est la version graphique. Ces outils d'alignement ont un large éventail d'applications, y compris l'étude des gènes ou des protéines provenant d'organismes différents pour déterminer dans quelle mesure ils sont liés.
ExPASy
Le ExPASy ou Expert Protein Analysis System est une collection en ligne d'outils de l'Institut Suisse de Bioinformatique. La plupart de ces outils ne sont pas spécifiquement liés alignement; par exemple, des outils comme ProtParam aider les chercheurs à faire des prédictions au sujet de certaines des propriétés d'une protéine en fonction de sa séquence d'acides aminés, et ces propriétés prédites peuvent être utiles pour l'isoler. D'autres outils utiles comprennent un outil de traduction qui convertit une séquence de nucléotides à une séquence d'acides aminés et plusieurs outils d'alignement qui alignent des séquences de protéines et trouver des sous-segments correspondants. Ces outils sont utiles pour la protéomique, l'étude de la structure et la fonction des protéines dans les cellules.
FASTA
FASTA est un autre outil disponible en ligne à partir de l'Institut européen de bioinformatique. Les chercheurs peuvent entrer des protéines ou des séquences d'ADN et de rechercher les bases de données existantes pour identifier des séquences similaires. FASTA aligne alors tous les matches et - comme les autres outils d'alignement - permet de déterminer le degré de similitude ou ils sont différents. L'algorithme utilise, cependant, est différente de celle utilisée par BLAST. Pour des séquences très similaires, FASTA et BLAST devraient fournir des résultats équivalents; BLAST est plus rapide pour moins de séquences similaires, bien que FASTA peut être plus précis si les séquences sont très différentes.