Amorces, aussi connu comme «oligos» sont des brins courts de nucléotides appelés oligonucléotides qui sont utilisés comme l'amorçage des séquences dans des réactions en chaîne par polymérase (PCR). Les amorces "paires de bases" aux extrémités de la séquence que vous souhaitez copier, fournissant des sites de fixation d'extrémité 3 'pour les nucléotides entrants. Une température optimale de recuit est basée sur la composition des amorces et permet un appariement de bases spécifique des oligonucléotides à la séquence d'intérêt. Plusieurs méthodes peuvent être utilisées pour calculer la température optimale de recuit, ou de Ta.
Instructions
Pour Amorces moins de 14 bases de longueur
1 Ajouter le nombre de guanines et cytosines dans votre séquence d'amorce, puis ajoutez le nombre de adénines et thymines.
2 Multiplier les guanines totaux plus cytosines par quatre, et multiplier les adenines totaux plus thymines par deux.
3 Ajouter les deux totaux pour la température de fusion (Tm) de vos amorces, puis soustraire cinq pour optimale Ta. Ainsi, Ta = [4 (GC) + 2 (A)] - 5.
Pour Amorces plus de 14 bases de longueur
4 Trouver le nombre total de guanines ainsi cytosines dans votre amorce.
5 Branchez le guanines totaux plus cytosines dans la formule fournie par Promega: "Tm = 64,9 degrés C + 41 degrés C x (nombre de G de et C est dans le primaire - 16,4) / N, où N est la longueur de l'amorce."
6 Soustraire cinq de ce total pour Ta. Ainsi, Ta = [64,9 degrés C + 41 degrés C (total G + C - 16.4) / N] - 5.
7 Utilisez la formule la plus simple à la place: Ta = 3 (guanines totaux plus cytosines) + 2 (adenines totaux plus thymines).