une électrophorèse sur gel d'agarose est une technique de laboratoire, par lequel les protéines sont séparées les unes des autres sur la base de la taille. Un échantillon de protéines mixtes, souvent des segments d'ADN ou des molécules apparentées, sont placés à une extrémité d'une feuille de gel d'agarose. L'électricité est ensuite appliqué sur le gel et les acides nucléiques chargés négativement dans les protéines sont attirés par la charge positive à l'autre extrémité du gel avec de petites protéines qui se déplacent plus loin que les plus grands, en formant une série de bandes de chaque taille de la protéine.
Substrat
gel d'agarose est un polysaccharide qui forme une matrice gélatineuse. Le gel fournit un substrat sur lequel la séparation de l'ADN peut se produire. Des fragments d'ADN plus grands sont plus longs à migrer à travers les mailles de la matrice. Ce phénomène facilite la séparation des molécules selon leur taille.
Résolution
ADN dont la taille varie de quelques paires de bases jusqu'à plusieurs millions de paires de bases peuvent être séparés en utilisant une électrophorèse sur gel d'agarose. La concentration de l'agarose utilisé pour fabriquer le gel détermine la clarté de la résolution des particules protéiques. Les molécules d'ADN plus petits sont plus clairement résolues lorsqu'une concentration plus élevée de gel d'agarose est utilisé lors de l'exécution de l'échantillon.
Buffer Absorption
Afin d'appliquer une charge électrique à l'échantillon d'ADN, le gel d'agarose doit être saturé avec une solution tampon contenant du sel. Deux solutions tampons populaires sont TAE (Tris-acétate-EDTA) et TBE (Tris-borate-EDTA). Tampons doivent être ajoutés à une concentration précise; un tampon trop dilué va empêcher le mouvement des particules de protéines et un tampon trop concentré peut surchauffer quand l'électricité est appliquée et l'excès de chaleur peut faire fondre le gel ou endommager les protéines.
Dye Contraste Contexte
les colorants fluorescents tels que le bromure d'éthidium, peuvent être ajoutés à un échantillon afin de visualiser les protéines d'ADN séparés lorsque l'électrophorèse est terminée. Ce colorant se lie à l'espace entre les acides nucléiques de l'ADN. Le gel d'agarose fournit un contraste visuel des colorants de telle sorte que l'emplacement de chaque bande de protéine peut être clairement discernée.
Référence
Un échantillon de référence de protéines de taille connue, appelée une «échelle» est souvent exécutée en parallèle à l'échantillon en question. Etant donné que toutes les protéines de la même taille et la forme se déplacent à la même vitesse dans la même concentration en gel d'agarose, la position des protéines de l'échelle par rapport à l'échantillon peut être utilisé pour déterminer la taille des protéines en question.
Protein capture
Une fois que les protéines ont été séparées, le gel d'agarose les maintient en place lorsque l'électricité est mis hors tension. Chaque bande de protéines peut alors être retiré séparément du gel et traité pour un test supplémentaire ou l'expérimentation.