Avant que l'ADN peut être séquence, testés ou analysés, il doit d'abord être extrait de cellules. Les cellules contiennent de nombreuses autres molécules telles que des protéines et des lipides; cependant, et un scientifique veut naturellement pour obtenir une solution d'ADN qui est aussi pur que possible. Les méthodes courantes de l'extraction d'ADN impliquent l'utilisation de l'isopropanol ou de l'éthanol en une seule étape du procédé.
Propriétés
L'éthanol et l'isopropanol mélange bien (sont miscibles avec) l'eau, mais ils ont des constantes diélectriques inférieures à celles de l'eau, ce qui signifie que leur capacité à protéger les charges positives et négatives dans la solution et les garder séparés est beaucoup plus pauvre. La constante diélectrique de l'eau, par exemple, est de 78,5, tandis que la constante d'éthanol est de 24,3. ADN est chargé négativement, il est attiré par des ions positifs dans la solution comme le potassium ou le sodium. L'éthanol a une capacité plus faible que l'eau pour maintenir les ions chargés positivement et l'ADN en dehors.
La concentration
L'éthanol fait également l'ADN moins soluble pour une autre raison. Étant donné que les molécules d'éthanol peuvent former des interactions dites liaisons hydrogène avec des molécules d'eau, ils diminuent le nombre de molécules d'eau disponibles pour hydrater l'ADN. Entre cet effet et la constante diélectrique inférieure, l'éthanol provoque essentiellement l'ADN à l'agrégation avec des ions positifs dans la solution, la formation d'un solide ou un précipité au fond du tube. Précipitation de l'ADN sert à rendre plus concentré parce que d'autres contaminants présents dans la solution ne précipitent pas en même temps.
Considérations
Le lavage à l'éthanol sert également à éliminer les contaminants de faible poids moléculaire tels que des sels et des détergents. Le sel choisi peut varier selon qu'il est nécessaire de précipiter le dodécylsulfate de sodium détergent à partir d'une étape précédente; le dodécylsulfate de potassium, par exemple, est insoluble et se précipite, de sorte que l'utilisation d'acétate de potassium dans une lyse alcaline peut éliminer le SDS avant que l'éthanol / isopropanol est ajouté. L'éthanol peut également être utilisé pour précipiter l'ARN pour les mêmes raisons, bien que la précipitation de l'ARN nécessite généralement plus de l'éthanol.